Com 2800 km de extensão, o rio São Francisco é o maior rio totalmente brasileiro.

Nascendo na Serra da Canastra, em São Roque de Minas (MG) e escoa no sentido Sul-Norte pela Bahia e Pernambuco, quando altera seu curso para o Sudeste, chegando até sua foz no Oceano Atlântico na divisa entre Alagoas e Sergipe, abrangendo assim cinco estados.

Ao longo de seu percurso, o rio se divide em quatro trechos: o Alto São Francisco, que vai das cabeceiras até Pirapora (MG); o Médio, de Pirapora até Remanso (BA); o Submédio, de Remanso até Paulo Afonso (BA); e o Baixo, de Paulo Afonso até a Foz. O clima varia entre os trechos. No curso alto o clima é úmido, com bom índice de chuvas. À medida que penetra na região semiárida (cursos médio e submédio) a pluviosidade é baixa, a evaporação é elevada e o clima torna-se cada vez mais seco. Na região da foz o clima torna-se úmido novamente, com maior quantidade de chuvas.

A bacia hidrográfica do São Francisco ocupa uma área de aproximadamente 640 mil km², abrangendo o estado de Goiás e o Distrito Federal, além dos estados abrangidos diretamente pelo rio São Francisco. A bacia contempla fragmentos dos biomas Cerrado, Caatinga e Mata Atlântica. É formada também pelos 168 afluentes do São Francisco, sendo que muitos são temporários, mas a maioria é perene. Os rios Abaeté, Paracatu, Urucuia, Carinhanha, Corrente e Grande são os principais afluentes e localizam-se na margem esquerda. Na margem direita destacam-se os rios Pará, Paraopeba, das Velhas e Verde Grande. 

A fauna de peixes da bacia do São Francisco é bastante rica. Entre os peixes nativos da bacia destacam-se o surubim (Pseudoplatystoma corruscans),   dourado (Salminus brasiliensis), pacamã (Lophiosilurus alexandri), piau (Leporinus obtusidens) e curimatã–pacu    (Prochilodus argenteus).O rio São Francisco tem uma enorme importância para o desenvolvimento do Nordeste. Nas regiões do Alto, Médio e Submédio existe a presença de indústrias e agroindústrias. As cidades de Petrolina (PE) e Juazeiro (BA) passam por um grande desenvolvimento devido a agricultura irrigada pelo rio e são regiões importantes na produção de frutas. Na região do Baixo São Francisco a economia ribeirinha baseia-se principalmente na agropecuária e pesca. O rio oferece também condições de navegação o ano inteiro.

O rio São Francisco enfrenta sérios problemas ambientais. A presença de usinas hidrelétricas alterou a vazão normal do rio e de seus tributários, além de provocar o assoreamento do rio com a retirada da vegetação em volta dele. A poluição, causada pelo lançamento de efluentes residenciais e industriais nas calhas do rio e de seus afluentes, é outro principal problema.

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